Acabei de me deparar com o mesmo problema. Ernie Hershey do MongoDB me ajudou a resolvê-lo respondendo minha postagem no grupo de usuários do MongoDB:

https://groups.google.com/forum/#!topic /mongodb-user/5xRQW7ER4hE

Você basicamente precisa executar o yum makecache antes de executar yum install mongodb-org devido a um bug em como os pacotes MongoDB RC são gerados. Isso resolveu o problema para mim.