Comparar entre 2 campos de um documento no MongoDB

Você encontrará muitos exemplos de uso do operador $where para isso, mas a estrutura de agregação pode fazer isso por você ...

db.collection.aggregate([
    {
        "$addFields": {
            "isPayableAmountGreater": { "$cmp": [ "$payable_amount", "$paid_amount" ] }
        }
    },
    { "$match": { "isPayableAmountGreater": 1 } }
])

Ou, ainda mais simples e sem criar o (provavelmente indesejado) isPayableAmountGreater quase atributo:

db.collection.aggregate([
    {
        "$redact": {
            "$cond": [
                { "$gt": [ "$payable_amount", "$paid_amount" ] },
                "$$KEEP",
                "$$PRUNE"
            ]
        }
    }
])