Sugiro que você siga este guia: http://www.codeproject.com/Articles/81413/Windows-Azure-Drives-Part-1-Configure-and-Mounting . Este guia explica como montar a unidade, mas também mostra como você pode salvar a letra da unidade como uma variável de ambiente.

Isso é interessante porque quando você está iniciando a instância do mongo, você pode usar essa variável de ambiente junto com --dbpath. Talvez seja melhor encapsular todo o código em um aplicativo de console para que você possa simplesmente iniciá-lo antes de iniciar a instância do mongo.