Você pode usar a consulta de agregação abaixo.
$group inicial para calcular a contagem total enquanto $push o campo de conceitos em campo de matriz. $$ROOT para acessar todo o documento. Reter a contagem total de artigos no próximo
$group . Resto tudo fica do jeito que você fez.
db.articles.aggregate([
{"$group":{
"_id":null,
"totalArticles":{"$sum":1},
"concepts":{"$push":"$$ROOT.concepts"}
}},
{"$unwind":"$concepts"},
{"$group":{
"_id":"$concepts.text",
"totalArticles":{"$first":"$totalArticles"},
"count":{"$sum":1},
"average":{"$avg":"$concepts.relevance"}
}},
{"$project":{
"count": "$count",
"percent": {
"$divide": [ "$count", "$totalArticles" ]
}
}
},
{"$sort": {"count": -1}}
])
$facets também é uma opção em que você pode fazer duas consultas em dois pipelines separados seguidos de mesclagem para continuar com o restante dos estágios. 
