Se você sabe com certeza que os elementos do array são numéricos:
$wpdb->prepare("SELECT id FROM table WHERE id IN ("
. implode(',',$array_of_ids) . ")");
Caso contrário, você pode usar o
vsprintf
forma de prepare
para passar no array de parâmetros:$wpdb->prepare("SELECT id FROM table WHERE id IN ("
. str_repeat("%d,", count($array_of_ids)-1) . "%d)" , $array_of_ids);