Tente usar isso em seu arquivo SQL:
sed 's/CREATE TABLE/CREATE TABLE IF NOT EXISTS/g' <file-path>
ou para salvar
sed -i 's/CREATE TABLE/CREATE TABLE IF NOT EXISTS/g' <file-path>
não é o ideal mas funciona :P
sed 's/CREATE TABLE/CREATE TABLE IF NOT EXISTS/g' <file-path>
sed -i 's/CREATE TABLE/CREATE TABLE IF NOT EXISTS/g' <file-path>