Acho que este post será adequado para você http://www.mongodb.org/display/DOCS/Schema+Design
Casos de uso
Cliente / Pedido / Item de linha do pedido
Os pedidos devem ser uma coleção. clientes uma coleção. os itens de linha devem ser uma matriz de itens de linha incorporados no objeto de pedido.
Sistema de blogs.
As postagens devem ser uma coleção. O autor da postagem pode ser uma coleção separada ou simplesmente um campo nas postagens, se for apenas um endereço de e-mail. os comentários devem ser objetos incorporados em uma postagem para desempenho.
Noções básicas de design de esquema
Kyle Banker, 10 geração
http://www.10gen.com/presentation/mongosf2011/schemabasics
Indexação e otimização de consultasAlvin Richards, diretor sênior de engenharia corporativa
http://www.10gen.com/presentation/mongosf-2011/mongodb-indexing-query-optimization
**Esses 2 vídeos são os melhores no mongoddb já vistos imho*
