Você precisa definir a chave em sua atualização
$set parâmetro corretamente:var update = function(value, id, update_string) {
var update_query = {};
update_query[update_string] = value
Collection.update({_id:id}, {$set:update_query})
}
Basicamente sem a modificação acima, se você usou
{update_string:value} você estaria definindo o valor de update_string , não coordinates.lat . 
