Substituindo o documento incorporado na matriz no MongoDB

Você está usando o padrão "matriz de objetos". Você pode usar o operador posicional, deve ser algo assim:

coll.update( {'_id':'2', 'users._id':'2'}, {$set:{'users.$':{ "_id":2,"name":"name6",... }}}, false, true)

Na minha experiência, o padrão "array of objects" não é ideal se os objetos tiverem um ID natural. No seu caso, isso pode ser modelado da seguinte forma:

{
  "_id" : "2",
  "users" : 
    { "1" : { "name" : "name1", "xyz..." : "xyz1..." }, 
      "2" : { "name" : "name2", "xyz..." : "xyz2..." }
    }
  "name" : "main name"
}

Nesse caso, você pode usar a notação de ponto para atualizar facilmente o item desejado.

var newValue = {  "name" : "name6", "xyz..." : "xyz5...", "morefields..." : "fields..." };
coll.update({_id: 2}, { $set: { "users.2" : newValue } });