Atualizar :Com WiredTiger, compact faz espaço livre.

A resposta original para esta pergunta está aqui:Reduzindo o tamanho do arquivo de banco de dados MongoDB

Realmente não há nada fora do repair que vai recuperar o espaço. O compact deve permitir que você vá muito mais tempo no espaço existente. Caso contrário, você terá que migrar para uma unidade maior.

Uma maneira de fazer isso é usar um secundário off-line do seu conjunto de réplicas. Isso deve fornecer uma janela de manutenção completa para migrar, reparar, voltar e trazer de volta.

Se você não estiver executando um conjunto de réplicas, é hora de fazer exatamente isso.