Sim, o MySQL pode usar vários índices para uma única consulta. O otimizador determinará quais índices beneficiarão a consulta. Você pode usar
EXPLAIN
para obter informações sobre como o MySQL executa uma instrução. Você pode adicionar ou ignorar índices usando dicas como:SELECT * FROM t1 USE INDEX (i1) IGNORE INDEX FOR ORDER BY (i2) ORDER BY a;
Eu sugiro ler sobre como o MySQL usa índices .
Apenas alguns trechos: