Flask-Migrate não lê no banco de dados para ver as dependências entre os objetos. Você pode obter uma migração bem-sucedida reordenando a drop_table em seu arquivo de migração.
O que você pode fazer é modificar o arquivo de migração assim:
op.drop_table("parameter_subtype")
op.drop_table("parameter")
E, em seguida, execute o comando de atualização. Normalmente, ordenar a queda nesta ordem deve resolver o problema.
