Você precisa passar o argumento unicode_decode_error_handler para o MongoClient e usar pelo menos o pymongo 3.5.1.
import pymongo
import json
from pymongo import MongoClient
if __name__ == '__main__':
client = MongoClient(
host="whatever_your_host_is",
maxPoolSize=50,
unicode_decode_error_handler='ignore'
)
my_db=client['my_db']
collection=my_db['my_collection']
cursor = collection.find({"whatever": "some_stuff"})
for document in cursor:
print(document)
Parece que 'ignore' é definido por padrão no Python 2.7, mas no Python 3.6.1 você precisa fazer isso sozinho. Isso ignorará os erros Unicode e permitirá que o cursor continue iterando, o pymongo tentará fazer o possível para reconstruir os dados JSON.
