Para remover um elemento de um array você usa o
$pull
operador. Isso leva uma expressão de "consulta" para identificar o elemento que você deseja remover:$collection->update(
array("_id" => $_GET['post']),
array( '$pull' =>
array(
"comments" => array(
"_id" => new MongoId( $_GET['id'] )
)
)
)
);
A parte "query" de
$pull atua nos elementos individuais da matriz especificada, portanto, qualquer coisa que corresponda à condição será removida da matriz. Mas também é importante que seu parâmetro de solicitação seja uma "string", então você precisa converter isso como um ObjectId real valor que você pode converter em PHP com o MongoId
classe do motorista. 
