Da documentação:
{ $pull : { field : {$gt: 3} } } removes array elements greater than 3
Então, suponho que você possa fazer algo assim por enquanto:
{ $pull : { field : {$gt: 3, $lt: 5} } } // shoud remove elemet in 4 position
Ou tente atualizar usando o operador de posição , suponho que deve ser algo assim:
{ $pull : "field.4" }
{ $pull : {"field.$": 4}}
É apenas uma sugestão, pois não posso testar agora.
Atualização:
Parece que você não pode fazer isso certo em uma etapa (existe um bug in jira )
Mas você pode remover usando o elemento unset na posição e que puxa os elementos com valor nulo:
{$unset : {"array.4" : 1 }}
{$pull : {"array" : null}}
