Eu tive o mesmo problema com o mongo 3.0.0 e 3.1.9 com banco de dados relativamente pequeno (12 GB).
Depois de perder cerca de 4 horas com isso, encontrei uma solução alternativa usando hidden parâmetro
mongorestore --batchSize=10
onde o número varia dependendo da natureza dos seus dados. Comece com 1000.
