MongoDB
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Lidando com índices únicos, esparsos e compostos do mongodb


https://docs.mongodb.org/manual/core/index-partial/

A partir do mongoDB 3.2, você também pode criar um índice parcial para suportar isso.
db.users.createIndex(
   { name: 1, email: 1 },
   { unique: true, partialFilterExpression: { email: { $exists: true } } }
)