Dê uma olhada em add_definitions , que adicionará suas definições à linha de comando do compilador, por exemplo
-D com gcc ou /D com MSVC. Tente algo como:add_definitions( -DBOOST_FILESYSTEM_VERSION=2 )
No seu caso, eu definitivamente usaria a
add_definition mas uma alternativa pode ser dar uma olhada em configure_file . Em seguida, você pode criar um modelo de arquivo de cabeçalho, que será preenchido com valores cmake e incluí-lo em seus arquivos de origem. Isso pode ser útil se você tiver muitos, muitos parâmetros configuráveis determinados pelo CMake. 
