A instalação do pymongo está usando o Extensões C ?
>>> import pymongo
>>> pymongo.has_c()
True
Passei a maior parte da semana passada tentando depurar uma consulta de tamanho moderado e o processamento correspondente que levou 20 segundos para ser executado. Depois que as extensões C foram instaladas, todo o mesmo processo levou aproximadamente um segundo.
Para instalar as extensões C no Debian, instale os cabeçalhos de desenvolvimento python antes de executar a instalação fácil. No meu caso, também tive que remover a versão antiga do pymongo. Observe que isso compilará um binário de C, então você precisa de todas as ferramentas usuais. (CGC, etc.)
# on ubuntu with pip
$ sudo pip uninstall pymongo
$ sudo apt-get install python-dev build-essential
$ sudo pip install pymongo
