Como pesquisar em array de array de objeto no mongodb

Digamos que você queira pesquisar o awaiting status para a coleção users

db.users.find({"version.files.status":"awaiting"}).pretty()

Ele irá pesquisar automaticamente dentro das matrizes.

A atualização, no entanto, é um pouco diferente e você deve usar arrayFilter :

db.users.updateOne(
  {
    "version.files._id": "606592b3c5d509071857f6e8",
  },
  {
    $set: {
      "version.$[version].files.$[file].url": "something else",
    },
  },
  {
    arrayFilters: [
      { "version._id": "606592b1c5d509071857f6e7" },
      { "file._id": "606592b3c5d509071857f6e8" },
    ],
  }
);

Certifique-se de ter um índice em seu find consulta:

Para o exemplo acima

db.users.createIndex({"version.files._id":1},{background:true})

Muitos outros exemplos disponíveis no Mongo Doc

EDITAR

De acordo com seu comentário, aqui está um exemplo de trabalho:

db.users.findOneAndUpdate(
  { "version.files._id": "606592b3c5d509071857f6e8" },
  {
    $set: {
      "version.$[version].files.$[file].url": "Test URL",
      "version.$[version].files.$[file].status": "Test status",
    },
  },
  {
    returnNewDocument: true,
    arrayFilters: [
      { "version._id": "606592b1c5d509071857f6e7" },
      { "file._id": "606592b3c5d509071857f6e8" },
    ],
  }
);