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MongoDB:seleção condicional de uma coleção com base em outra coleção


Você pode tentar abaixo da consulta de agregação. 
db.animals.aggregate([ [
  {
    "$lookup": {
      "from": "meals",
      "localField": "lastMeal",
      "foreignField": "id",
      "as": "last_meal"
    }
  },
  {
    "$unwind": "$last_meal"
  },
  {
    "$match": {
      "last_meal.created": {
        "$gt": 20171001
      }
    }
  }
])

Mais informações aqui .

Você pode usar $project com exclusão após $match stage para formatar a resposta para excluir campos combinados. Algo como { $project: {"last_meal":0} }