Não, não há garantias de que esse tipo de condição de corrida não ocorra em node.js/MongoDB. Porém, não tem nada a ver com node.js, e isso é possível com qualquer banco de dados que suporte acesso concorrente, não apenas MongoDB.

O problema é, no entanto, mais complicado de resolver com o MongoDB porque ele não suporta transações como seu banco de dados SQL típico faria. Portanto, você precisa resolvê-lo em sua camada de aplicativo usando uma estratégia como a descrita no livro de receitas do MongoDB aqui .