MongoDB
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O subdocumento do Mongoose pré-remove o middleware não chamado


Depois de pesquisar um pouco, encontrei isso:

Uma solução alternativa pode ser conectar um evento a toda a matriz de subdocumentos e ter uma cópia da matriz de dados anterior.

Este é um exemplo completo de trabalho sobre como ter certeza de que um elemento de matriz não foi excluído ou retirado . Para verificar se há modificações, você precisará de mais modificações.
var mongoose = require('mongoose');
var Schema = mongoose.Schema;

var ResourceSchema = new Schema({
    activation_dates: [subDateSchema]
});

// This virtual permits to store the original array accross the middlewares
ResourceSchema.virtual("original").set(function(item){
    this._original = item;
}).get(function(){
    return this._original;
});

// This middleware checks for a previous version of the "Resource"
ResourceSchema.pre("validate", function(next){
    var self = this;
    mongoose.model("Resource").findById(this._id, function(err, doc){
        if(err) throw err;
        self.original = doc;
        next();
    });
});

// This validation block checks for any modification of the array of sub documents
ResourceSchema.path("activation_dates").validate(function(value){
    var j;
    if(this.original){
        // if the new array is smaller than the original, no need to go further
        if(this.original.activation_dates.length > value.length){
            return false;
        }

        for(var i=0; i < this.original.activation_dates.length; i++){
            j=0;
            // if the array element has been deleted but not pulled out, we need to check it
            if(typeof value[j] == "undefined" || typeof value[j]._id == "undefined"){
                return false;
            }

            while(value.length > j && this.original.activation_dates[i]._id.toString() != value[j]._id.toString()){
                j++;
            }
            if(j == value.length){
                return false;
            }
        }
    }
    return true;
}, "You deleted at least one element of the array");

var Resource = mongoose.model('Resource', ResourceSchema);

var newresource = new Resource({
    activation_dates: [{
        date_add: Date.now()
    }]
});

newresource.save(function(err){
    if(err) throw err;

    newresource.activation_dates.splice(0, 1);
    // OR:
    //delete newresource.activation_dates[0];
    // this line is essential in the case you *delete* but not pull out
    newresource.markModified('activation_dates');

    newresource.save(function(err){
        if(err) throw err;
    });
});

Infelizmente não consegui encontrar outra solução a não ser fazer um loop em todos os elementos e recuperar o documento original.