Sim - você pode usar uma variação da estratégia usada para criar um novo índice em um conjunto de réplicas sem tempo de inatividade. Isso exigirá que o membro oculto seja colocado off-line enquanto os índices são criados.

Aqui está o link para a estratégia:http://docs.mongodb.org/manual/tutorial/build-indexes-on-replica-sets/#procedure

No seu caso, você colocará o membro oculto off-line e reiniciará em modo autônomo (remova a opção --replSet e use um número de porta diferente). Uma vez que o membro esteja isolado, você pode ajustar os índices (remover os desnecessários e adicionar novos). Depois que os índices forem criados, reinicie o membro com a porta antiga e a opção --replSet.

O membro oculto será ressincronizado com o conjunto de réplicas e está tudo pronto.