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Flask-PyMongo collMod


Acredito que isso funcionaria supondo que url contém o nome da coleção com o índice que você está modificando:
client.db.command('collMod', url,
                  index={'keyPattern': {'dateCreated':1},
                         'expireAfterSeconds': 3600}})

Para quem procura uma solução para isso, consegui com o seguinte:
client.db.command('collMod', 'notifications', 
                  index={'keyPattern': {'expr': 1}, 
                         'background': True, 
                         'expireAfterSeconds': 604800})

O que resulta na seguinte saída:
{u'expireAfterSeconds_old': 3888000, 
 u'expireAfterSeconds_new': 604800, u'ok': 1.0}