Você terá que fechar o cursor, pois o servidor MongoDB não expirará o tempo do cursor para você, já que você pediu especificamente para não fazê-lo.
basta chamar
del no seu cursor. A implementação padrão do pymongo para __del__ notificará o servidor para matar o cursor. Supondo algo como:
cursor = db.test.find(timeout=False)
Basta fazer isso quando terminar:
del cursor
