Eu tive um problema semelhante e tive que resolvê-lo em duas etapas:
$ docker exec <id> bash -c "mkdir -p /extract; cp -f /path/to/fileset* /extract"
$ docker cp <id>:/extract/. .
$ docker exec <id> bash -c "mkdir -p /extract; cp -f /path/to/fileset* /extract"
$ docker cp <id>:/extract/. .