Você deve usar vinculação de contêiner . Dos documentos :

Basicamente o que isso significa é o seguinte

• seu contêiner MongoDB deve expor algumas portas (por meio do EXPOSE entrada no Dockerfile ou através do -p opção para docker run ).
• seu Spring Boot-container deve ser iniciado com o --link opção que aponta para o contêiner do MongoDB.
• O MongoDBRepository deve ser configurado para usar o endereço fornecido nas variáveis ​​de ambiente pela vinculação.

Confira este artigo sobre como vincular contêineres para mais informações.