Por que novos documentos no mongo têm um objeto e não um ObjectId?

Isso é o que é um ObjectID. É simplesmente um objeto que contém essas propriedades.

http://docs.mongodb.org/manual/reference/object-id/

{
    "_bsontype" : "ObjectID",
    "id" : "U\u0013[-Ð¤~\u001d$©t",
    "generationTime" : 1.43439e+09
}

U\u0013[-Ð¤~\u001d$©t é o binário de 12 caracteres string que é convertida para a familiar string hexadecimal de 24 caracteres (55107edd8e21f20000fd79a6 ) quando o objeto como um todo é representado como um valor de texto (ou seja, seu .toString função é invocada)

No Mongoose os documentos também possuem um .id getter que fornece o hexadecimal de 24 caracteres como um valor de string.