A opção 'notablescan', como @ghik mencionou, impedirá que você execute consultas lentas devido ao não uso de um índice. No entanto, essa opção é global para o servidor e não é apropriada para uso em um ambiente de produção. Ele também não o protegerá de nenhuma outra fonte de consultas lentas além de varreduras de tabela.

Infelizmente, não acho que haja uma maneira de fazer diretamente o que você deseja agora. Há um tíquete do JIRA propondo a adição de um parâmetro de consulta $maxTime ou $maxScan, que parece ajudar você, então vote nele:https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-2212 .