Enganche o
'index' evento no modelo para ver se algum erro está ocorrendo ao criar o índice de forma assíncrona:User.on('index', function(err) {
if (err) {
console.error('User index error: %s', err);
} else {
console.info('User indexing complete');
}
});
Além disso, habilite o registro de depuração do Mongoose chamando:
mongoose.set('debug', true);
O registro de depuração mostrará o
ensureIndex chamada que está fazendo para você criar o index. 
