Eu nunca entendi por que a documentação do Mongoose recomenda tão amplamente desabilitar o autoIndex em produção. Depois que o índice for adicionado, o ensureIndex subsequente chamadas simplesmente verão que o índice já existe e retornarão. Portanto, isso só afeta o desempenho quando você cria o índice pela primeira vez e, nesse momento, as coleções geralmente estão vazias, portanto, criar um índice seria rápido de qualquer maneira.

Minha sugestão é deixar autoIndex ativado, a menos que você tenha uma situação específica em que esteja causando problemas; como se você deseja adicionar um novo índice a uma coleção existente que tem milhões de documentos e deseja ter mais controle sobre quando ele é criado.