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Matriz aninhada de preenchimento de mangusto


Atualização: Por favor, veja a resposta de Trinh Hoang Nhu para uma versão mais compacta que foi adicionada no Mongoose 4. Resumido abaixo:
Car
  .find()
  .populate({
    path: 'partIds',
    model: 'Part',
    populate: {
      path: 'otherIds',
      model: 'Other'
    }
  })

Mangusto 3 e abaixo:
Car
  .find()
  .populate('partIds')
  .exec(function(err, docs) {
    if(err) return callback(err);
    Car.populate(docs, {
      path: 'partIds.otherIds',
      model: 'Other'
    },
    function(err, cars) {
      if(err) return callback(err);
      console.log(cars); // This object should now be populated accordingly.
    });
  });

Para populações aninhadas como essa, você deve informar ao mangusto o esquema do qual deseja preencher.