Você está tão perto! Lembre-se de que seu "conteúdo" mais externo é um array em si. Para que a alteração de 2 caracteres a seguir funcione, use content.$.assets dentro do valor de $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
Zoom adiante.
