Você pode usar @Table(catalog="") para especificar o banco de dados ao qual eles pertencem e também pode fazer relação entre o banco de dados.

no seu caso Wheel mapeia para DB1, Car para DB2 e MotorCycle para o DB3 usando o atributo de catálogo.

eu usei esta solução com MySQL e MSSQL e funciona perfeitamente bem. única restrição é que todos os três DBs devem estar no mesmo servidor de banco de dados e o usuário que está sendo usado para acessar o banco de dados deve ter permissão apropriada para todos os DBs.

Como esta solução apenas adiciona o nome do esquema à tabela em todas as consultas.