Toda a minha pesquisa finalmente culminou na conclusão de que, embora o EF em geral seja ruim para o desempenho, o MySql + EF é totalmente de má qualidade. A escolha do SO de L2S em vez de EF é uma boa jogada e se eu tivesse acesso a um banco de dados MS Sql em vez de MySQL, também teria ido nessa direção.

Infelizmente estou preso ao MySql porque é gratuito e isso me forçou a desistir do EF. Agora estou de volta a codificar minhas consultas SQL da maneira antiga, testada e eficiente e os resultados são bons.

Eu dei um passe para o MYSql + EF, mas adoraria ouvir de pessoas que o usaram com sucesso em um projeto não trivial.