Mysql
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Usando vários bancos de dados dentro do CodeIgniter


em seu arquivo de configuração de banco de dados adicione tantos grupos de configuração quantos os números de seus bancos de dados:
$db['a']['hostname'] = 'localhost';
$db['a']['username'] = 'user';
$db['a']['password'] = 'pw';
$db['a']['database'] = 'db1';
...

$db['b']['hostname'] = 'localhost';
$db['b']['username'] = 'user';
$db['b']['password'] = 'pw';
$db['b']['database'] = 'db2';
...

//set the default db
$active_group = 'a';

então no seu modelo inicialize uma variável de classe:
private $db_b;

e, no construtor, defina-o como segue
__construct()
{
   ...
   $this->db_b = $this->load->database('b', TRUE); 
}

agora você pode usar o banco de dados b como sempre:
$this->db_b->query('YOUR QUERY');

e obviamente o padrão da seguinte forma:
$this->db->query('YOUR QUERY');