execute mysqldump com "--skip-opt" para obter os 2 arquivos dumps, ou seja:
mysqldump --skip-opt -u $MY_USER -p$MY_PASS mydb1 > /tmp/dump1.sql
mysqldump --skip-opt -u $MY_USER -p$MY_PASS mydb2 > /tmp/dump2.sql
compare usando estas opções de comparação:
diff -y --suppress-common-lines /tmp/dump1 /tmp/dump2