Ao usar o Glassfish, você pode definir essas propriedades como adicionais aos seus pools de conexão JDBC. Localize e visualize sua conexão com o banco de dados em Administração da Web (Recursos->Conexões JDBC->sua.conexão). Na guia de propriedades adicionais, adicione (se ainda não estiver presente) as propriedades mencionadas e reinicie seu servidor:
//name, value
characterEncoding, UTF-8
characterSetResults, UTF-8
useUnicode, true
O resultado será o mesmo se os parâmetros forem adicionados ao URL, mas essa é uma solução mais sustentável na minha opinião.
