Você não vai perder dados. Esta mensagem de erro é específica para você tentar ver o conteúdo da tabela e selecionar muitas linhas de uma vez. O número de colunas na tabela multiplicado pelo número de linhas exibidas deve estar abaixo do valor definido para max_input_vars em seu php.ini. Por padrão, isso é definido como 1000.

Ao trabalhar com seu código específico, você não deve encontrar esse erro, A MENOS que tente fazer a mesma coisa - exibir mais de 1.000 "elementos" de uma consulta retornada em um determinado momento. Você realmente espera fazer isso? Nesse caso, seja inteligente ao paginar seus dados e usar LIMIT em sua consulta SQL.

Os dados em si são seguros. A única coisa afetada é a capacidade do PHP de recuperar e produzir.