Se você tiver uma restrição de chave estrangeira, como excluir uma linha da tabela A quando a tabela B fizer referência a essa linha? Isso me parece um erro.
Independentemente disso, você pode evitar a reutilização de valores de incremento automático redefinindo o deslocamento quando o aplicativo for inicializado. Consulte o máximo em todas as tabelas que fazem referência à tabela A e, em seguida, altere a tabela acima desse máximo, por exemplo se o máximo for 989, use isto:
alter table TableA auto_increment=999;
Observe também que diferentes mecanismos MySQL têm comportamento de incremento automático diferente. Este truque funciona para o InnoDB.
