Acabei de me deparar com esse problema também. Eu tive que adicionar
LOCAL para minha instrução SQL. Por exemplo, isso dá o problema de permissão:
LOAD DATA INFILE '{$file}' INTO TABLE {$table}
Adicionar
LOCAL à sua declaração e o problema de permissões deve desaparecer. Igual a:LOAD DATA LOCAL INFILE '{$file}' INTO TABLE {$table}
