Uma opção é salvar UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD('newpass') WHERE User='root'; em um arquivo e, em seguida, inicie manualmente o mysqld com --init-file=FILENAME . Assim que o servidor for iniciado, ele deverá redefinir sua senha e, em seguida, você poderá fazer o login. Após isso, você deverá desligar o servidor e iniciá-lo normalmente.