O
regexp_matches(string text, pattern text [, flags text])
A função retorna os valores capturados:Você pode corrigir a expressão usando grupos sem captura:
SELECT unnest(regexp_matches('4-0001-1234 4.0001.12344 4-0-0-0-1-1234', '4(?:[\s/.-]*0){3}(?:[\s/.-]*[12])(?:[\s/.-]*\d){4}', 'g'));
Veja a demonstração on-line .
BTW, você não precisa escapar
- quando está no início/fim da expressão de colchetes, e não há necessidade de escapar nem / nem . lá. Também sugiro remover {1} como a =a{1} em qualquer regex que suporte quantificadores limitantes. 
