Você pode usar isso:http://www.ozerov.de/bigdump/
Ou
Use este comando para dividir o arquivo sql
split -l 5000 ./path/to/mysqldump.sql ./mysqldump/dbpart-
O comando split pega um arquivo e o divide em vários arquivos. A parte -l 5000 diz para dividir o arquivo a cada cinco mil linhas. O próximo bit é o caminho para o seu arquivo e a próxima parte é o caminho no qual você deseja salvar a saída. Os arquivos serão salvos como qualquer nome de arquivo que você especificar (por exemplo, “dbpart-”) com uma combinação de letras alfabéticas anexadas.
Agora você deve poder importar seus arquivos um de cada vez através do phpMyAdmin sem problemas.
Mais informações http://www.webmaster-source.com/2011/09/26/how-to-import-a-very-large-sql-dump-with-phpmyadmin/
