Para corrigir isso, escolha uma(s) coluna(s) adequada(s) em sua tabela e crie um índice exclusivo nela (ou nelas). A versão 4.0 incluiu essa verificação para evitar outros problemas quando não a linha pretendida é modificada ou excluída.
Consulte http://en.wikipedia.org/wiki/Unique_key .
[EDIT] No entanto, a versão 4.5.0 contém uma melhoria nesse sentido, consulte https:// github.com/phpmyadmin/phpmyadmin/issues/11061