É apenas uma questão de instalar a versão 3.5.8.2. Consulte http://docs.phpmyadmin.net/en/latest /setup.html#quick-install .
Se você não instalou as tabelas de armazenamento de configuração do phpMyAdmin que são específicas da versão 4, você não tem mais nada a fazer. Claro, depende do URL que você está usando para visitar o phpMyAdmin e se você instalou a versão 4.0 sozinho ou usou uma instalação pré-empacotada.
Não vejo por que você perderia seus bancos de dados ao fazer isso.