Não sei por que, mas eu tive que fazer isso da seguinte maneira.
Event.find({ $in: eventIds}, function(err, docs){
Para
mongoose.model('Event').find({_id:eventIds}, function(err, docs){
que retornou 3 documentos que estão corretos.
Event.find({ $in: eventIds}, function(err, docs){
mongoose.model('Event').find({_id:eventIds}, function(err, docs){
