O problema é que
mongoose não é um objeto Mongoose, mas connect promessa
. Deveria ser:
const mongoose = require('mongoose')
const Schema = mongoose.Schema;
mongoose.connect(`mongodb://${process.env.DB_USER}:${process.env.DB_PASSWORD}@localhost:27017/${process.env.DB_NAME}`, {useNewUrlParser: true});
Observe que
mongoose.connect pode ser adequado não para o modelo, mas para o módulo pai, porque pode haver vários módulos de modelo. 
