Existe uma função chamada db.currentOp() que lista as consultas atualmente em execução com informações muito detalhadas, também inclui a duração das mesmas (secs_running ).

Você pode então usar o currentOp.opid com db.killOp() para matar essa consulta/operação.

Se db.currentOp() não retorna nenhum resultado, porque não há consulta que causou estragos, então também há db.setProfilingLevel() que habilitará a criação de perfil armazenando consultas no banco de dados "local". Aqui é um "Tutorial" do "M102:MongoDB para DBAs" Curso.

Mais informações também podem ser encontradas neste artigo detalhado "Solucionando problemas de carga de CPU 100% do MongoDB e consultas lentas" de Igor Khomenko.